Flint Lockwood rêve encore d'être reconnu comme le plus grand inventeur du monde. Mais, ses espoirs s'effondrent progressivement lorsqu'il réalise que sa plus grande invention - une machine qui transforme l'eau en nourriture - est toujours en fonction et crée maintenant des animaux mutants à l'apparence d'aliments. Maintenant qu'il a le destin de l'humanité entre ses mains, Flint et ses amis doivent s'engager dans une mission périlleuse et affronter des tacodiles affamés, des tartes-thons de pommes et autres créatures issues d'un mélange entre des aliments et des animaux.