En 2065, la Terre est plongée dans le chaos et la dévastation. Les villes sont désertées, les populations décimées. La survie est la principale préoccupation des rares rescapés, qui vivent sous d'immenses verrières. À la tête d'une équipe de scientifiques aux allures de commando armé, la jeune Aki Ross lutte contre une invasion de fantômes extraterrestres, afin de préserver ce qui reste de la race humaine. Elle doit aussi sauver sa propre peau, son corps étant infecté par un virus mortel. Le groupe part alors à la recherche du "huitième esprit", qui leur permettra de mettre un terme à ce fléau et de guérir Aki. Mais le groupe est également menacé par le général Hein, qui projette d'éliminer les fantômes avec son puissant canon Zeus, au risque de détruire la planète.