Lorsque les écarts de conduite de Beethoven deviennent trop insupportables pour monsieur et madame Newton, les enfants décident d'envoyer en secret leur gros toutou dans une école de dressage canin. Au cours d'une promenade dans un parc, Beethoven se sauve et tombe museau à museau sur son sosie, Michelangelo, un chien parfaitement dressé, et les deux changent d'identité. Pendant que les Newton s'étonnent du comportement distingué que leur chien a subitement acquis, le véritable Beethoven fait des ravages dans la demeure des Sedgwick, une famille riche et hautaine.
Les problèmes viennent par paire quand le chien le plus adorable qui soit, Beethoven, est de retour dans une toute nouvelle aventure tordante!